就在玄奘集结一些志同道合的僧人准备向大唐政府申请出国求学的前夕，也就是唐太宗贞观元年（公元627年）的春天，长安庄严寺高僧慧因病逝，大臣萧瑀向朝廷建议任命玄奘为住持。不到三十岁就能出任一所寺院的住持，这是多少僧人一辈子梦寐以求的事情，但是玄奘拒绝了，他还有更重要的事情要做，决不能因为区区一个住持之位而把自己绑在长安无法西行。
僧人们留学申请并没有得到朝廷的允许，但是玄奘没有放弃出国的打算，就像当年不肯轻易放过考试的机会一样，他一面继续学习梵文等待时机，一面进行身体锻炼，为西行做好各种物质准备。
在漫长的等待中，当初联名上书朝廷表示愿意与玄奘结伴西行的僧人们纷纷选择放弃，但玄奘却没有丝毫动摇，前往印度的念头反而随着时间的推移变得越来越强烈。
命运总是垂青有准备的人，灾荒的到来和政策的放宽终于让这个执着的僧人等到了离开长安的机会。
从混进难民队伍的那一刻起，玄奘的身份就从一位颇有名气的僧人变成了一位偷渡者，在茫茫人流中踏上了前往河西（甘肃）的大道。当时从长安前往西域，一路上要经过秦州（天水）、兰州、凉州（武威）、甘州（张掖）、肃州（酒泉）、瓜州（安西）、敦煌、玉门关等地，是一段漫长而艰险的旅程。
玄奘进入河西的第一站是凉州，凉州不但是河西地区的首府，也是西北进入关中的要冲，是中原和西域通商和使节往来的必经之地，战略位置十分重要，唐朝政府也在此驻扎了大量的军队。从凉州出发，沿着祁连山下的河西走廊一路往西，便是连接东西方、沟通亚、欧两大洲的丝绸之路。
然而在贞观初年，这条曾经让"大汉"威名远播欧亚的丝绸之路却被突厥人所占据，他们趁隋末天下大乱汉人忙着争夺中原之际夺取了丝绸之路的控制权，使得唐王朝在建国之初断绝了与西域各国的外交关系，并且时刻威胁着帝都长安的侧后方。当时，突厥分裂成东西两部，西突厥主要在中亚一带，东突厥的统治范围则在今天的内蒙古一带，正好与唐朝接壤，因此成为威胁唐朝边疆安全的最大敌人。
玄奘离开长安前，刚刚在玄武门之变中夺得皇位登基还不满二十天的唐太宗就接到了东突厥颉利可汗率领十多万人马直扑渭水的消息。颉利认为唐太宗刚刚即位、国内不稳，很可能像李渊那样派人求和，于是先派出使者前往长安城去见唐太宗，扬言突厥百万骑兵已经杀到渭水四十里外。
唐太宗在这时表现出了过人的魄力和胆色，他毫不理会颉利的威胁，直接将使者拘押，然后亲自带着六员大将骑马来到渭水桥头，指名要与颉利隔河对话。颉利听说使者被扣，很是吃惊，当他看到顶盔贯甲跃马横刀的唐太宗和南岸军容整齐杀气腾腾的唐军后，不禁害怕起来，竟带着一班将领在北岸下马拜见唐太宗。双方很快在便桥上签订盟约，颉利没占到什么便宜，就此退兵。从此以后，唐太宗就把东突厥看成是心腹大患，一边励精图治休养生息积聚国力，一边厉兵秣马，用外交分化和封锁边关的手段削弱东突厥。
玄奘来到凉州时，大唐和西域的边界可谓战云密布：西南面的吐蕃实力强大，对河西和关陇地区虎视眈眈；西北，颉利可汗虽然退兵，但其它突厥部落的骑兵还是经常越边骚扰、掠夺人口。再过几个月，唐军就要发动一次针对东突厥的大规模军事行动。为了防止国内的壮丁和人口因为战乱流失到境外，唐朝政府颁布了严格的"禁边令"，禁止没有"过所"之人非法出境。
玄奘虽然年轻，却非轻举妄动之人，他当然不会像游侠豪士一样去顶风作案，他选择了一个较为稳妥的办法--先在凉州停留一段时间，然后寻找继续西行的机会。这样做可能是出于以下几点考虑：
第一，玄奘在秋天离开长安，到达凉州时天气已经转冷，西北气候与关中大相径庭，前方西域的环境还会更加恶劣，所以他需要一段时间来适应气候和调节身体状态；
