中国习惯，一般祭祀神灵的场所统称为庙。佛教的庙宇，统称为寺院；道教的庙宇，统称为宫观。古代官署叫作‘寺’，如太常寺、鸿胪寺之类。佛教传入中国汉地，是由汉明帝派遣使臣前往西域，请来摄摩腾等到洛阳而开始的。摄摩腾初到时，被招待在鸿胪寺。因为鸿胪寺是掌握宾客朝会礼仪的。其后政府为摄摩腾创立了馆舍，也就叫作白马寺。后世佛教的庙宇因此也称寺。一寺之中可以有若干院，其后建筑规模较小的寺便叫作‘院’。比丘尼住的寺院多称作‘庵’。
印度的寺院，原有两种：一种叫作‘僧伽蓝摩’。僧伽，义为众；蓝摩，义为园，意谓大众共住的园林。僧伽蓝摩，略称为‘伽蓝’，一般都是国王或大富长者施舍，以供各处僧侣居住的。一种叫作‘阿兰若’，义为空间处，就是在村外空隙的地方，或独自一人，或二、三人共造小房以为居住，清静修道之所。或不造房屋，只止息在大树之下，也可以叫作阿兰若处。阿兰若，简称为‘兰若’。佛陀时代的比丘除了三衣钵具之外不许有别的财产。因此僧伽蓝是从任何地方来的比丘都可居住的场所，所以称为十方僧物。比丘自建的阿兰若，假如本人远游之后，就等于弃舍，任何比丘都可以迁入居住。僧伽蓝摩又名‘贫陀婆那’，义是丛林。《大智度论》卷三说：‘多比丘一处和合，是名僧伽。譬如大树丛聚，是名为林。……僧聚处得名丛林。’
僧侣居住在伽蓝之中，是依受戒先后为长幼秩序的。从受戒时起到七月十五日（农历）为一腊。遇事集会的坐位须按戒腊多少排列先后。戒腊最长的称为‘上座’。伽蓝中一切事务要由全体僧众集会来共同决定，凡事必须取得一致意见，方可办理。其日常事务也由全体僧众推定‘知事僧’，负责办理。此管理僧众杂事的职务，梵名叫‘羯磨陀那’。羯磨，义为‘事务’；陀那，义为‘授与’，义译为‘悦众’（见《四分律行事钞》卷一）。
中国汉地的寺院，自古也有寺院和兰若之分。唐宋以来，创建寺院要向政府申请，得到许可，方准与建。寺院的名称也由政府颁发。《旧唐书，职官志》说：‘天下寺有定数，每寺立三纲，以行业高者统之。’注云：‘每寺上座一人，寺主一人，都维那一人。’唐武宗灭佛法时，併省天下佛寺四千六百，兰若四万。其乡村群众公共所立奉佛之所，叫作‘佛堂’。开元十五年（727）曾敕令拆除天下村坊佛堂小者，功德（佛像等）移入近寺（见《佛祖统纪》卷四十）。但是当时的寺院、兰若、佛堂的制度如何，现在已难以详考了。至唐百丈禅师创立禅宗寺院的清规（维持寺院清静的规约），设置十务，分司各事（见《景德传灯录》卷六）。但是百丈所定的清规久已失传，详细情况不得而知。当时佛教各宗已先后成立。为住持者，身居一寺之主，各以其所秉承的宗派义理，传授学人；其时寺院似无严格的宗派继承问题。到了唐末以后，由于禅宗衣法相传的习惯，于是寺院的住持有了世代的标称，如南宋初正觉为天童寺的第十六世住持。然而那时寺院的修行法则还是随著先后住持所秉承的宗派不同而时有变更的。住持所秉承的宗派与寺院的世代并不发生连带关系。到了元时分天下寺院为禅、教、律，各守其业，不得变易。于是法派与寺院成了固定的关系，逐渐形成明清以至近代所通行的寺院制度。
近代的寺院大致分为两类：一类叫做‘丛林’或‘十方’；一类叫作‘小庙’或‘子孙’。每个寺院都必定属于一定的宗派，世代相承，很少任意更改的。然而其寺院对于本宗派的教义和修行法则多不讲习，渐成有宗派之名，无宗派之实。其十方寺院住持的继承，多是师徒关系，经过传法手续而确定。由前任住持以‘法卷’写明历代传承，授与弟子，成为法徒。一代住持可以有几个或更多的法徒，继承住持时在法徒中选任。十方寺院可以开堂传戒。子孙寺院住持的继承，也就是师徒关系，是由于住持为弟子剃度，成为剃度徒。一住持可以有众多剃度徒，到继承住持时在剃度徒中选任。子孙寺院是不许开堂传戒的。凡寺院在其法派相承中有相接近的，称为‘本家’。寺院中如有重大事务或争执，可以邀请本家的住持共同讨论或调解。子孙寺院经本寺子孙的同意，可以改为十方；十方寺院则不许改为子孙寺院。一般而论，寺院是不许买卖的，但是子孙寺院经双方同意，可以表面是让而实际是有代价的。
寺院的组织，在唐代是由三纲（上座、寺主、维那）共同负责全寺事务的，三纲的人选由政府任命。到了宋代，寺主由当地州官和群众备文邀请。宋人文集中常有请某某法师住持某寺的疏文。至于上座、维那等职便由寺主委任了。寺主改称为住持，是由百丈禅师创立清规时定名的，意谓安住而维持佛法。世俗又称住持为「方丈」，意谓所住的地方狭隘，只有方丈之地。王简栖《头陀寺碑》中说：「宋大明五年始立方丈茅茨」。又相传唐高宗时王玄策奉使到印度，过维摩居士故宅基，用笏量之，只有十笏，所以号为方丈之室（见《法苑珠林·感通篇》），从此相沿称住持为方丈。住持位居僧堂之首故又称为堂头大和尚。子孙寺院的住持，除本人愿意让位外，一般都是终身任职。丛林寺院的住持，一般是六年一任，但可以连任，也有实行终身制的。住持退位以后称为「退居和尚」。
百丈清规所立十务，是管理全寺劳作事务的。相传百丈清规曾推行到全国的禅宗寺院，但是百丈清规到宋初已失传，当时称为「古清规」。现在只有宋杨亿撰《古清规序》一篇（见元德辉编《敕修百丈清规》卷八）。宋元时各寺都有自己的清规，内容不尽相同。宋圆悟克勤的后嗣无量宗寿禅师有《日用小清规》；元中峰明本禅师有《幻住庵清规》。宋崇宁二年（1103）宗赜编《禅苑清规》十卷，他在《序》中曾经说：「丛林蔓衍，转见不湛。加之法令滋彰，事更多矣」。咸淳十年（1274），惟勉编《丛林校定清规总要》二卷，《序》中也说：「朋辈抄录丛林日用清规，互有亏阙」。元至大四年（1311），一咸又编《禅林备用清规》，序中说到各家清规「或以僧受戒首之，或以住持入院首之」。但是一咸却以「祝圣」（祝皇帝寿）、「如来降诞」二仪冠其前，并且说其书只是备而不用。由此可见宋元时各寺清规甚为繁杂；各各不同，但都不叫作百丈清规。到了元至元四年（1338），德辉根据一咸所编，参考诸家，撰成《敕修百丈清规》，始用百丈标名，实质是与百丈原制迥不相同。明洪武十五年（1382）、永乐二十二年（1424），先后敕旨推行清规。英宗正统七年（1442），又敕令重刊施行。可见清规的发展，由百丈创始，逐渐演变成为敕撰，以政府的命令加以推行，封建势力逐步控制寺院，使佛教为封建主义服务；寺院的组织也丧失了佛教原来的平等的精神，涂上了封建主义的色彩。
寺院组织，除住持外，设有四大班首，八大执事等。四大班首是指导禅堂或念佛堂修行的；八大执事是专管全寺各项事务的。四大班首即首座、西堂、后堂、堂主。首座由住持聘请年高德劭的尊宿担任，为全堂修行的模范，掌禅堂中号令之权。东为主位，西为宾位。本寺住持为主人，相当于东堂首座；其辅助住持教导修行的，侍以宾礼，称西堂首座，简称西堂。禅堂中原分为前堂后堂，总负其责的称首座，或前堂首座；于是分任后堂责任的称后堂首座，或简称后堂。堂主是在首座之下负责禅堂或念佛堂中事务的。在禅堂中的座位，门东是维那之位；门西顺序为住持、首座、西堂，后堂、堂主的座位。也有在禅堂后方中间设一木龛。作「维摩龛」,专供方丈入堂坐禅时使用。八大执事是监院（库房负责人）、知客（客堂负责人）、僧值（又叫纠察）、维那（禅堂负责人）、典座（厨房、斋堂负责人）、寮元（云水堂负责人）、衣钵（方丈室负责人）、书记。监院综理全寺事务，掌管全寺经济。知客掌管全寺僧俗接待事宜。僧值管理僧众威仪。维那掌管宗教仪式的法则。典座管理大众饭食斋粥。寮元管理一般云游来去的僧侣。衣钵辅助住持照应庶务，调和人事。书记职掌书翰文疏。八大执事都是每年一任，由住持任命之。
藏蒙喇嘛寺院的组织：第一叫「智果」，又叫「古学」即是「呼图克图」。第二是「赤巴」，即戒行高深，经典娴熟的住持，是寺中最高领导人，三、五年一任；较小寺院叫「堪布」。其下有掌经喇嘛，叫作「翁则」，负诵经课程及解释疑义之责。铁棒喇嘛，叫作「格果」，负督察喇嘛勤情，有惩罚喇嘛及维持佛法之责。法神喇嘛，名叫「接巴」，负决疑卜筮之责。「根察」负统筹全寺事务，监察全寺出纳。管家喇嘛，叫作「根巴」，掌管寺内财产及收支事宜。充本喇嘛，叫作「涅巴」，负经管贸易之责。
子孙寺院只由本寺僧侣居住，不接待外来僧众。僧众在外云游参学时可以到十方丛林居住，叫作「挂单」或「挂褡」。「单」是指僧人的行李，挂单便是将行李安放起来，暂不他往的意思。僧人住进寺院，首先住在云水堂，言其如行云流水，过而不留。在云水堂住相当时期以后，经本人要求和住持同意，可以进禅堂或念佛堂，成为寺中的基本僧众。住云水堂可以随时他往；住禅堂或念佛堂后，如要离寺他往，只能在每年正月十五日或七月十五日提出申请告别。禅堂或念佛堂的僧众名额有一定的限额。
