虽然人类的医药历史十分悠久，但医学作为一门科学却很年轻。在19世纪中叶以前，“医生实际上还不可能明白自己为了行医所必须了解的基本生理学和化学现象……所用药物的一小部分偶尔也可能有些好处……假如我们把希波克拉底医典等极少数有见地的着作除外的话，这些(医学)理论就都是一些比神学和哲学还可悲的胡思乱想”。[61] 1935年氨苯磺胺抗菌药物的发现和1943年青霉素的临床应用，是现代医学的里程碑。由于东方的传统医药缺乏赖以发展的根基，只能游离于医学科学之外，成为另类(alternative)。对待一切古代的文化遗产取批判的态度，决不是民族虚无主义。“文革”期间文化专制主义甚嚣尘上，那时出版的《本草纲目》尚且贴上毛泽东语录标籤：“剔除其封建性的糟粕，吸收其民主性的精华……决不能无批判地兼收并蓄。”今天既得利益者裹挟民族主义的大旗，鼓吹復古主义的逆流，企图使人们迷信传统医药。
新近编辑出版的《中华本草》皇皇十卷，收集古今本草药物达8 980种，其中动物药1 050种，囊括所能得到的各种野生和家养的大小动物及其组织器官，乃至排泄物和耳垢都是主治疑难杂症的宝贵药材。如将一种动物入药的材料分别计算，则品种可翻几番，比如猪，从毛、皮、牙齿、各种内臟、蹄和蹄甲连同火腿共计26种中药，牛作为药材的达38种。此书不仅未用科学的方法对古人记述的药材加以甄别，去伪存真，还增添了许多荒诞的内容。如人的尿粪也能“清热降火”，治疗许多疾病;童尿是个宝，不仅含在嘴裡治咽痛、齿缝衄血即止，而且“治肺结核、跌打损伤、月经不调”。[62]人中黄的製作比《本草纲目》的方法赋予更神秘的色彩：古时是冬月将盛甘草末的竹筒浸于粪坑中，立春取出，悬风处阴乾，而新的《中华本草》则为，浸于人粪坑中四十九天，漂洗四十九天，日晒夜露四十九天，再从竹筒中取出日晒夜露七天，成药。[63]其中各个处理天数的约数为七，显然是附会民间丧俗中超度亡灵轮回转世的做法。
再如，《本草纲目》上只是说蚂蚁外用主治疔肿疽毒，《中华本草》则声称有益气力、美容和催乳的作用，以及治疗男性不育、阳痿、类风湿性和风湿性关节炎、周围神经炎、小儿疳积和和蛇咬伤，并使乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)转阴等重大用途。[64]蚂蚁治病不但缺乏有效证据，而且可以引起过敏和中毒。[65]
《中华本草》收录了《濒危野生动植物种国际贸易公约》中在禁的我国一类保护动物作为药材，甚至包括豹、野马、亚洲象、白暨豚和金丝猴等濒危珍稀动物。《中国药典》2000年版从附录中剔除了豹骨，但仍保存黑熊、棕熊、穿山甲、玳瑁和麝等国家保护动物的产品，这是值得商榷的。据2001年7月2日新华社报导：劳动保障部发佈的《国家基本医疗保险药品目录》，几乎将大部分动物药如狗宝、海马、猴枣、鹿茸、马宝、牛黄、麝香以及各种动物臟器和鞭、尾、筋、骨，撤出了中药报销名录。这说明这些药物并非治病所必需。至于是否有效，请看美国的华文报纸《世界日报》刊登的江文所写的一篇短文——《在长春进补》，或许可以使你“百思有解”(这是该报此文的栏目名称)。现将此文摘要如下：
在中药中，鹿茸、鹿鞭是大补精品，而吉林以盛产鹿驰名。在寒冬季节，全国各大城市着名酒店的代表在长春开会，当然不放过进补的机会。可是，在长春的几天裡吃了几次包括鹿鞭汤和鹿血熬制的菜未受到进补的效能。东道主回答说：偶尔吃一两次并不能立竿见影，必须定期服用。鹿茸、鹿鞭炖品连续进补一周便有功效，当然，如果未见效，那也只能怪自己身体的底子太虚。
天然药物的疗效在于其中所含的活性化学物质，有效成分的发现和分离是利用天然药物的基础，迄今的天然药物大都是从植物中发现的，因此有些科学家相信高等植物仍是潜在的新药来源。[66,67]但是，现代的药物生产则是由化学合成来实现的。由于从天然物质中开发新药的效率过低，因此这种做法已被逐步放弃，除非有特别的发现。代之而起的是在分子水准上有针对性的药物设计和筛选，来开发新的有效药物。不过哺乳动物身上除与人相似的内分泌激素之外，几乎没有从中发现过什么有效的药物。宋代的本草中记有用兔脑製备的“催生丹”，称其为“神仙方，绝验”。[68]今人据此作牵强附会的猜测：中国是最早使用催产素催生的。[69]兔脑究竟含有多少催产素，经过那种处理能否保持活性，这本书的作者全然没有考虑。而催产素口服极易分解，是只能注射给药的。
世界各国的古医药书中都记载有动物胆汁，特别是治疗眼疾。在3500多年前的埃伯斯纸草医书中，已有鱼胆明目的记载。我国的《唐本草》中，称熊胆可以“疗时气热盛变为黄疸，暑月久痢”。[70]《本草纲目》谓熊胆具有“煺热清心，平肝明目去翳”的作用;青鱼胆主治赤目障翳，由青鱼、鲤鱼、青羊、牛和熊的胆汁组成鱼胆丸主治“一切障翳”，甚至还用人胆治疗连年不愈的疟疾和噎食，人胆汁敷战伤金疮有极效。[71]人类学家列维-斯特劳斯发现，西伯利亚的原住民也使用鱼胆、熊胆为药治病。例如，布利亚特人用狗鱼(pike)的胆汁治疗眼疾，熊胆的治疗用途则有17种，熊的脑、脂肪、肉、血和毛皮也有不少的医疗用途;卡拉尔人还在冬季即将过去的时候收集冻干的熊粪治疗便秘。不过这些“知识”的主要目的不是为了实用，而是“为了满足求知的要求，不是满足需要”。例如雅库特人用与啄木鸟的喙相接触治疗牙痛，并不在于是否的确能治好牙痛，而是在于可以把啄木鸟的喙与人的牙齿“相配”(“going together”)的观念，以及某些最初的秩序是否可以通过分门别类引入天地万物。[21]”原始人”的这种治疗上“相配”的思想，与中医用动物胆汁明目是由于所谓的“肝开窍于目”，有某种相似。
古人应用胆汁治病显然没有、也不可能有科学的理由。直到近代药理学研究发现，胆酸如鹅去氧胆酸(CDCA)和熊去氧胆酸(UDCA)具有溶解和预防胆固醇结石的作用。1902年，瑞典化学家首先发现北极熊的胆汁活性成分为熊去氧胆酸。1954年，採用牛或其他动物的胆汁合成熊去氧胆酸成功。现在证明，化学物熊去氧胆酸可减轻胆汁淤积引起的肝损伤，延缓疾病进展。美国食品药品管理局(FDA)批准熊去氧胆酸用于治疗无手术指征的胆固醇结石和预防復发，以及原发性胆汁性肝硬化。
[72]国内生产的熊胆製剂也都声称其“药效标誌性成分”是熊去氧胆酸，哪为什么不用化学纯度高、剂量易于掌握和临床应用便利的熊去氧胆酸取代含有杂质的粗熊胆汁呢?何况熊胆汁的疗效根本没有进行过适当的临床试验。至于生产厂家鼓吹熊胆可以治疗乙型肝炎、肝硬化、动脉硬化、冠心病、痔疮和癌症等疾病，甚至从熊胆中提炼出“晶体增明活络素”，使人“心动眼亮”，则纯属谎言。最近，台湾的一家报纸刊登一则错误报导，称美国研究证明熊胆汁治疗中风有效，实际上却是一项熊去氧胆酸在大鼠脑缺血模型上进行的初步动物实验。[73]无论如何，熊胆都没有任何理由值得使用，何况养熊取胆对动物十分残忍，遭到国际上的强烈反对。
日本、韩国的民间相信熊胆可以治病、滋补，导致滥猎熊和走私熊胆，其中我国产品走私出口佔有相当的份额。[74,75]养熊取胆业起始于朝鲜，1984年传入我国，随着养熊取胆致富的宣传，养熊业一哄而起。我国古代本草中虽有熊胆，但组方极少应用，现在的熊胆製剂是近些年“开发”出来的，完全是由于利益驱动的结果，并非医疗上的需要。活熊取胆对动物十分残酷，受到广泛的谴责，在国内外的压力下，日本和韩国都在加大执行《濒危野生动植物种国际贸易公约》的力度，熊胆走私已受到很大的限制。1998年，韩国汉药公会组织药商和医生宣誓不再用濒危动植物入药。我国是熊胆产品的出口国，如今生产已严重过剩，因此商家企图通过虚假的广告宣传，在“保健品”和洗髮香波等方面扩大销售市场，显然这是无益有害的。
韩国、朝鲜和我国的某些人群还迷信狗肉能滋补壮阳，猫和草药熬成的药汤能“温补”，治疗风湿病和关节炎。甚至认为，动物在遭受严重痛苦时分泌的肾上腺素可以“壮阳”，因而屠狗时採取乱棒击毙的残酷做法，以使其肾上腺素分泌增加，提高狗肉的味道和“壮阳”作用。这些荒谬的做法既愚昧又野蛮，遭到国际动物组织的强烈批评。
值得注意的是，虎虽是CITES列入禁止贸易的濒危动物，如今由于人工繁殖虎的数量增加，一些人开始向政府施压要求开药用之禁，企图从虎骨酒和虎药牟取暴利。
