最能体现龟兹地区和中原北方佛教文化之间交流的，是1999年发现的阿艾石窟。
阿艾石窟位于克孜尔大峡谷的山坡上。由于山坡陡，一般人不会前往。据说当时牧羊人阿布来提为了追赶一只山羊，才来到峡谷入口处，抬头望去，赫然发现对面山崖上端是一处凿挖的洞窟。
阿艾石窟壁画主要残存于左侧壁、左券腹、右侧壁和正壁，残存的壁画面积约10平方米。榜题中有“行官”的官职，其中的墨书汉文题记多达26处，多为供养人的姓名，从姓氏看有赵、李、梁、寇等汉姓，也有裴姓(喀什噶尔)和白姓(龟兹)等当地少数民族的姓氏，因此可知是由多姓的群体集资兴建。
从石窟壁画所呈现的内容多元化来看，阿艾石窟建于唐代显庆三年，安西都护府移住龟兹后的历史时期。当时的安西地区唐朝军民有三万多人，很多内地僧人和工匠也来到这里，在汉民族传统文化的影响下，这一时期龟兹石窟壁画艺术以唐风为主并杂糅当地的绘画艺术。
阿艾石窟的洞窟形制并没有像大多数克孜尔石窟一样，采用中心柱式形制，而是沿袭了敦煌在唐代时流行的平面方形窟。
阿艾石窟壁画的人物造型，也完全是敦煌莫高窟的翻版。敦煌唐代人物一改北朝时期富于想象和夸张的风格，而是注重写实。人物造型与现实生活非常贴近，以比例适度、面相丰腴、体态健美、庄严沉静为造型风格特点。宋代董逌论唐代绘画时有一段论述：“人物丰浓，肌胜于骨……此固唐世所尚，尝见诸说太真妃丰肌秀骨，今见于画亦肌胜于骨，昔韩公言曲眉丰颊，便知唐人所尚以肥为美。”说的就是盛唐蔚然成风的社会审美风尚。敦煌壁画和出土唐代文物中的人物大抵如此，阿艾石窟的人物造型也并无二致。
除此之外，阿艾石窟壁画与敦煌莫高窟壁画相似之处还有不少。像经变画中的团花纹饰图案是敦煌莫高窟唐代最流行的图案;再如敦煌唐代绘画采用的轮廓线描，产生透明效果，这在阿艾石窟壁画的菩萨头光和药师佛的透明钵上都可以看到;另，唐代佛教壁画采用传统的中原线描法，莫高窟唐代壁画的线有起稿线、定型线、提神线和装饰线等，而阿艾石窟壁画的线描使用的就是敦煌的线描技法，特别是定型线运用的十分流畅。
可见，阿艾石窟的壁画样式、绘画风格、绘画技法等都来源于敦煌。甚至可以说是敦煌莫高窟盛唐佛教艺术的移植，是敦煌佛教艺术西传的重要实例。
不过，李崇峰也指出，整个龟兹石窟，从体系上讲，介于印度本土佛教艺术和中原北方艺术之间，艺术形式也是如此，是中间媒介体。
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古龟兹境内的石窟遗址：
拜城四个——克孜尔石窟、台台尔石窟、温巴什石窟、耶克埃力克石窟;
库车四个——库木吐拉石窟、森木塞姆石窟、克孜尔尕哈石窟、玛扎伯哈石窟;
新和一个——托乎拉克埃肯石窟。
如果将这些石窟的地理位置在地图上标志出来，就会发现，它们都在丝绸之路上。当年，龟兹境内的古道有以下几条：
一、 由长安去乌孙的路线;
二、 法显西行的路线;
三、 玄奘西行的路线;
四、 悟空西行的路线;
五、 继业西行的路线。
