天然紫黄晶与人工紫黄晶功效差别巨大，因此鉴别紫黄晶是否是天然的特别重要，鉴定方法可以采用鉴别天然水晶的方法：
1、眼看：天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶多采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿造而成，没有均匀的条纹、柳絮状物质。
2、舌舔：即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉。假的水晶，则无凉爽的感觉。
3、光照：天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩。假水晶则不能。
4、硬度：天然水晶硬度大，用碎石在饰品上轻轻划一下，不会留痕迹；若留有条痕，则是假水晶。
5、用偏光镜检查：在偏光镜下转动360度有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。
6、用二色检查：天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
7、用放大镜检查：用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
8、用头发丝检查：将水晶放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为天然水晶，主要是因为水晶具有双折射。不过这种方法也有限制，一般只用于圆珠型的水晶，刻面型的水晶不适用于这种方法。
9、用热导仪检测：将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能上升至黄色2格，而假水晶不上升，当面积大时上升至黄色一格。
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