100%完美的天然水晶是没有的，所谓完美也是相对而言的完美，相对于人造水晶，天然水晶或多或少都会有瑕疵。
1、冰裂纹：这是对于通透形的水晶来说的，就是其内部视觉上象是有裂痕，有花花的感觉（有时还会有变彩效应）；天然水晶的结晶过程是不会产生冰裂纹的，据推测，应该是水晶在成长的过程中，可能是遇到地震或是地层的挤压（地球内应力）而产生在其内部的一些“痕迹”而已（原子排列发生错位），并不是裂痕。比如粉晶、紫水晶、白水晶球、柱等都很常见。
2、棉或云雾：这也是对于通透形的水晶来说的，就是其内部本来是应该通透的但看上去却不通透，有雾蒙蒙的感觉或是感觉里面象有棉絮状物质一样，最常见的就是在钛晶、金发晶里面最多了，通常佩戴一段时间后会逐步散开而越来越通透。
3、矿缺：主要指水晶表面感觉像坑洼的地方，是水晶在成长过程中自然形成的而并非是人为造成的损伤（本来包有其他矿物晶体，由于表面抛光，使矿体脱落，留下空位），绿幽灵、钛晶、金发晶上都比较常见。
4、损伤：是指水晶由于加工过程或不小心摔掉、碰撞等原因人为造成的损坏。这是最不幸的情况了。
还有一个常见问题是很多朋友对手链各珠子尺寸大小存在差异很不理解，一般情况是很正常的现象，一方面因为天然水晶在加工过程中因受材料的限制就会造成差异产生了，尤其越稀有的材料越常见；另一方面极少数也可能是由于水晶厂家不同的加工工艺所造成，无论哪种情况，仅是美观的问题而不影响其作用。
需要说明的是，近乎完美的与有较明显瑕疵的天然水晶价格可能差距巨大，越稀有的水晶差距越大，不接受天然水晶缺憾的，选择人造水晶或许更适合。
