佛经与一般的世俗文章一样，都有一套完整的组织结构。由于很多人面对佛经常常难以厘清其中的层次结构，东晋道安法师依据佛经的组织结构，采用三分法去判摄一切经典，成为后世划分佛经的通例。道安法师认为一切佛经都是由三部分组成，即序分、正宗分和流通分三部分。现对佛经三个组成部分分释如下：
一、序分
序分也就是佛经的序言。释迦牟尼佛宣讲佛法义理都是有因缘的。一部佛经开端的“序分”部分，就是先为读经的人揭示这部经的因缘，也就是交代这场佛教法会的说法者、提问者、听法者分别是谁。在最初佛典结集的时候，阿难宣说“如是我闻”的意思就是其所说的内容是经过大家公认的，是释迦牟尼佛亲口所说，不存在任何疑义，不是佛经结集者伪造而成的。因此，“如是我闻，兰时佛在……”就成为一部佛经开头的固定格式。如我们熟知的经典《地藏菩萨本愿经》序分云：
如是我闻，一时佛在忉利天，为母说法。尔时十方无量世界，不可说不可说一切诸佛，及大菩萨摩诃萨，皆来集会。赞叹释迦牟尼佛，能于五浊恶世，现不可思议大智慧神通之力，调伏刚强众生，知苦乐法，各遣侍者，问讯世尊。
是时如来含笑，放百千万亿大光明云……尔时释迦牟尼佛，告文殊师利法王子菩萨摩诃萨：“汝观是一切诸佛菩萨，及天龙鬼神，此世界、他世界，此国土、他国土，如是今来集会，到忉利天者，汝知数不?”文殊师利白佛言：“世尊，若以我神力，千劫测度，不能得知。”
本经的这段序分中，介绍佛陀为母说法因缘，以及诸大菩萨和龙天鬼神都集会到忉利天听佛说法的情形，还讲述了佛陀向文殊菩萨等众弟子讲说这部地藏经的缘由。
序分按内容又可分为通序和别序。通序是每部佛经都会有的，而别序则要因每部佛经的不同而有所区别。
“通序”是序分中说明人物、时间、地点等讲经背景等内容的，也称“证信序”，又称“六成就”——信成就、闻成就、时成就、处成就、主成就、众成就。如《佛说阿弥陀经》就具备通序六种成就的代表经典。经云：
如是我闻。一时佛在舍卫国，祗树给孤独园。与大比丘僧，千二百五十人俱，皆是大阿罗汉，众所知识：长老舍利弗、摩诃目犍连、摩诃迦叶、摩诃迦旃延、摩诃俱希罗、离婆多、周利盘陀伽、难陀、阿难陀、罗暇罗、侨梵波提、宾头卢颇罗堕、迦留陀夷、摩诃劫宾那、薄拘罗、阿(少/免)楼陀，如是等诸大弟子。并诸菩萨摩诃萨：文殊师利法王子、阿逸多菩萨、乾陀诃提菩萨、常精进菩萨，与如是等诸大菩萨。及释提桓囚等，无量诸天大众俱。
“如是我闻”是信成就和闻成就，“千二百五十人俱”是众成就，“一时”是时成就，“祗树给孤独园”是处成就，“佛”是主成就。这几种成就像我们写记叙文的六要素——时间、地点、人物、事件起因、经过、结果。
“通序”存在的目的是要证明这部佛经是释迦牟尼亲口所说，其内容是可信的，符合佛法的。也有部分经典为方便传诵，省略了讲经背景的介绍，如《心经》开端则没有一般经典的六种成就，经典内容直接切人正题。
“别序”是指一部佛经所发起的因缘，也称“发起序”。不是每部经典都会有别序。经云：“法不孤起”，释迦牟尼在宣讲佛法时，通常有某人某事引起弟子的疑问，其中一位启请者代众人向佛陀发问，引发释迦牟尼宣讲佛经。比如《圆觉经·弥勒章》，弥勒菩萨向佛陀分别请教了三个问题：末法众生如何断除轮回根本?于诸轮回有几种性，修佛菩提有几种差别?当设几种教化方便广度众生?经云：
世尊!若诸菩萨及末世众生，欲游如来大寂灭海，云何当断轮回根本?于诸轮回有几种性?修佛菩提几等差别?回入尘劳，当设几种教化方便度诸众生?惟愿不舍救世大悲，令诸修行一切菩萨及末世众生，慧目肃清，照曜心镜，圆悟如来无上知见。
佛陀针对这三个问题向弥勒菩萨及诸大众作了详细的解说，希望大众舍弃欲望与爱憎，才能永断生死轮回。比如佛陀对弥勒菩萨的第一个问题作了如是回答：
善男子!一切众生从无始际，由有种种恩爱贪欲，故有轮回。若诸世界一切种性，卵生、胎生、湿生、化生，皆因淫欲而正性命，当知轮回，爱为根本。由有诸欲助发爱性，是故能令生死相续。欲因爱生，命因欲有，众生爱命，还依欲本，爱欲为因，爱命为果，由于欲境，起诸违顺。境背爱心，而生憎嫉，造种种业，是故复生地狱恶鬼。舍恶乐善，复现天人。又知诸爱可厌恶故，弃爱乐舍，还滋爱本，便现有为增上善果。皆轮回故，不成圣道。是故众生欲脱生死，免诸轮回，先断贪欲，及除爱渴。
佛陀告诉弥勒菩萨等上首菩萨说，一切众生之所以会有生死轮回，是因为众生有种种恩爱和贪欲。佛陀特别指出这种爱欲就是众生难舍的淫欲之心。众生因为有爱，然后会产生爱欲，有了爱欲就会有生命的轮转相续。众生对于不同的欲望之境，会生起不同的心态。如果众生生起恶念，会造种种不同的恶业，就会往生地狱、恶鬼道中;如果对于欲境，生起善念，会生到人天等善道中去。佛陀再次提醒大众，众生如果想脱离生死轮回，应当先断除贪心，去除各种爱欲。佛陀认为，爱欲是生死轮回的根本，没有爱欲，就不会有淫欲等事情的发生，更不会有生命相续。这样众生之心才会清净，从而有利于修行得到成就。
有时佛陀看到机缘成熟时，并不待弟子发问，就会主动宣讲佛法。如《佛说阿弥陀经》就是释迦牟尼佛无问自说的经典：
一般的序分要阐述“信、闻、时、主、处、众、因缘”这七件事，其中“信、闻、时、主，处”又称“五事证信”，“众”又称“大众同闻”。如《金刚般若波罗蜜经》的序分就包括了以上七件事。序分为：如是我闻，一时佛在舍卫国，祗树给孤独园，与大比丘千二百五十人俱。尔时世尊，食时着衣持钵，人舍卫大城……
有一些佛经的序分较复杂，其通序在表述方式上一般没有什么区别，但是有一些佛经的别序有时需要特别注意，如《占察善恶业报经》中的别序。
二、正宗分
正宗分是一部佛经的主体部分。佛陀擅长将抽象难解的佛理教义，融人到生动具体的故事变化中，使听法者不自觉地融人到由人物、时空构成的故事情节中，自然而然地领悟其中蕴含的佛理。与单纯抽象的讨沦形式相比，佛陀的这种运用譬喻、因缘、和本生故事手法更容易让人领悟其中的佛理。
所谓譬喻，就是通过讲述一个具体的故事来阐明故事中蕴涵的道理。佛陀非常擅长运用譬喻，每当弟子们遇到深奥的道理无法领悟的时候，佛陀便采用譬喻的故事手法，巧妙地将这些深奥的道理转化为一个个生动具体的故事。通过这种通俗易懂的方法将难懂的佛理宣说出来。如佛陀在《四十二章经》第三章《割爱去贪》中云：“剃除须发而为沙门，受道法者，去世资财，乞求取足。日中一食，树下一宿，慎勿再矣。使人蔽者爱与欲也。”
佛陀在《四十二章经》中亦云：“财色于人，人之不舍，譬如刀刃有蜜，不足一餐之美。小儿舔之，则有割舌之患。”而在《法华经》里有七个有趣的譬喻，其中最为有名、人所共知的是“火宅”和“化城”二喻。“火宅”喻人世间的“三界”——欲界、色界、五色界。故事说：有个富贵长者，拥有一座大庄园，他的众多子孙长年在大庄园里过着优裕富足的生活;虽然大庄园里四处生虫，夜里鬼怪常现，但子孙们习以为常，熟视无睹。一天，这座庄园着了大火，子孙们依然迷恋着园子里的珍宝玩具，不愿意逃离火宅。长者万般无奈危急时刻，他向子孙们许诺：大庄园上还有更多更好的珍宝，这样，子孙们才同意离开火宅。经中描写了大火燃烧的恐怖情形，指出佛的使命就是对迷惑于三界的众生进行劝教，让众生走出迷途，趋于善境，犹如这位长者，从火宅中拔济众生。
“化城”即所说的海市蜃楼，是海面或沙漠里的一种幻影，远望像是有城池或水草出现。有一故事说：一导师率领一群商人到远方寻找宝藏，半路上大家实在累得难以坚持了，都不愿再往前走。导师见此，心想：大家确实太累了，但半途而废岂不可惜?于是心生一计，施展法术，在不远处的险道中化出一座金碧辉煌的城市来。众人看到不远处的城市，顿时感到希望就在面前，又鼓足信心，来到城里。导师见众人在城里都充足地休息好了，体力也都恢复，又通过神力让这座城市消失，于是告诉众人：“原先的大城，是我变出来让大家休息的。现在，你们既然已经恢复了体力，就该继续往前走，宝藏就在不远的前方。”在导师的劝导下，众人历尽艰难险阻，终于找到了宝藏。故事说明：佛陀教化众生，正如导师劝导众人，遇到众生执迷不悟时，应能随机应变，想方设法让众生走出迷途。
《旧杂譬喻经·祸母》中说：过去有个国家，国人富足安乐，但是国王并不安分，一次他问众臣：“我听说天下有一种叫‘祸’的东西，是什么样子?”众人都说不知道。国王于是就派人到邻国去买，天神就化作一个人在市中叫卖。卖的东西形状如猪，用铁索拴着。大臣问：“这是什么?”“祸母”。问：“卖多少钱?”“一千万”。大臣又问：“这个东西吃什么?”“一天吃一斗针。”于是大臣买下“祸母”献给国王，然后又挨家挨户搜求针来喂祸母。结果弄得民不聊生。于是大臣对国王说：“这个‘祸母’弄得百姓怨气冲天，天下就要大乱了，还是把它杀掉为好。”国王同意了。于是就把它拿到城外，可是怎么也弄不死它，最后只得堆起柴火，用大火烧，烧得那个东西浑身通红，结果它跑到哪里就烧到哪里。它跑遍全国，祸害民众，闹得饥荒遍地。这个故事结尾：“坐厌乐，买祸所致。”是说这个国王不满足于太平，自己讨来了祸害。但从佛教教义上来说这个故事是说戒“贪”的，其寓意是贪心不足，祸害无穷。
佛陀还经常引“盲龟遇浮木”的故事来比喻人生难得，劝勉弟子们应珍惜人身，精习佛法。
除了譬喻法，佛陀在说明某一义理的时候，也常常运用因缘故事来加以进一步印证。例如，佛陀在讲解因果业报这一复杂的佛法基本观念时，借助因缘故事来传达，化抽象深奥的佛理于简单明了的故事之中，富有强烈的教育或警诫意味。如佛陀引“释迦族惨遭屠杀”的因缘故事，来说明善恶业报如影随形，劝勉弟子们要多行善事，积累善业。
除了譬喻法和因缘法，佛陀还经常运用另一种故事手法——本生。本生就是讲述诸佛、菩萨以及佛弟子们的一些前世故事。佛陀在讲述的过程中特别将重点放在他们如何以种种不同的身份广行菩萨道的事迹，以此来引发后人对这些人与事的崇敬与学习。如佛陀引“善恶猕猴缘”的本生故事，来劝勉弟子们要亲近善知识，远离恶知识。
佛经一般都采用问答的体例。通常在序分中弟子提问，在正宗分中佛陀对此进行解答。弟子的启请、发问，称为“问”;佛陀对弟子的启请、发问的回答，称为“答”。佛陀在回答问题过程中完成佛理的阐述、论证以及提出修行的法门。
三、流通分
佛经的流通分，大多是赞叹佛法功德的文字，说明修持佛法的利益，或与其它法门比较优劣，或赞颂本经的地位，以引起信众对佛经的兴趣。
我们都知道，佛经一般以“如是我闻”为开始，以“信受奉行”为结束。一般人通常只留心“如是我闻”之后佛陀所说的那些法义和教诫的重点部分，却往往忽略了在听闻了解佛陀所宣讲的佛法教义之后实践的重要性。
佛经的流通分部分，其内容通常是“大众闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行，作礼而去”。意思是说当大众听完佛陀宣说的佛法教义，充分了解并领悟之后，内心感觉到法喜充满，无限欢喜，内心愿意真诚地接受，并且发愿要依照佛陀所说的种种教诲去奉行，这之后才心满意足，恭恭敬敬地离去。
“信受奉行”是指修学佛法的四个步骤——信、解、行、证。也就是在听完佛陀的教法，对佛陀所宣讲的内容有了一定的信心和经过自身思维过后的领悟理解，内心于是产生欢喜，继而发愿，并对佛陀承诺，在以后的修行中严格依教诫的内容，坚持不懈地受持，甚至进一步的修证。
以《杂阿含经》为例，弟子们在听完佛陀的教诫之后，自许愿说：“善哉!世尊!为我略说法要。我闻法已，当独一静处，专精思维，不放逸住，乃至自知不受后有。”
这是弟子们对佛陀所宣讲的法义表示感谢，并向佛陀许愿：现在既然已经听闻了这些法义，以后将会努力精进的思维、修证，丝毫不敢放逸，一直到修成正果，得到完全的解脱。
再如《金刚经》的流通分：“佛说是经已，长老须菩提及诸比丘、比丘尼、优婆塞、优婆夷、一切世间天人阿修罗，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。”佛陀说法后，弟子表达感谢，皆大欢喜，信受般若。从另一个角度说，正是有了弟子的“欢喜奉行”，才有了佛经辗转流传于世间的盛事。
